Казахский научно-исследовательский институт энергетики (КазНИИЭ) был основан 3 ноября 1944 года на базе Сектора энергетики Казахского филиала Академии Наук СССР (КазФАН СССР).
 Первое в истории Казахстана научное учреждение в области энергетики и электрификации народного хозяйства и социальной сферы возглавил Шафик Чокинович Чокин.
 Со дня основания в 1946году по 1963 год КазНИИЭ входил в состав Академии Наук Казахской ССР.
 В 1963 году Постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР институт был передан в Минэнерго СССР.
 С 1992 г. по 1995 г. был в подчинении Министерства энергетики и топливных ресурсов Республики Казахстан.
 В октябре 1992 года Правительство Республики Казахстан присвоило КазНИИЭ имя академика Шафика Чокиновича Чокина за исключительные заслуги в области науки, большую государственную и общественную деятельность.
 Основатель КазНИИЭ, Почетный директор института, академик Ш.Ч. Чокин в 1996 году первым из казахстанских ученых был награжден высшей наградой Республики Казахстан «Халық Қаһарманы».
 В результате процесса разгосударствления Казахский научно-исследовательский институт энергетики с 01 марта 1995г. приобрел статус Открытого Акционерного Общества с наименованием юридического лица – ОАО «КазНИИ энергетики им. академика Ш.Ч.Чокина».
 С 09 июня 2006 года после перерегистрации в Департаменте юстиции города Алматы институт получил наименование Акционерное общество «КазНИИ энергетики им. академика Ш.Ч.Чокина».
 В рамках Программы приватизации Группы «Самрук-Қазына» в 2014 году Министерство финансов Республики Казахстан реализовала долю пакета акций АО «Казахский научно-исследовательский институт энергетики имени академика Ш.Ч. Чокина».
 В 2017 году принято решение о реорганизации АО «КазНИИ энергетики имени академика Ш.Ч.Чокина» путём преобразования в ТОО «КазНИИ энергетики имени академика Ш.Ч.Чокина».